文学研究科における教育は、指導教員による「研究指導」と授業科目の履修によって行われます。授業科目の選択・履修は、各自の研究分野に必要な科目を、指導教員の指導を受けつつ、行います。授業は2〜5時限の昼間、6・7時限の夜間に開講しており、学生は昼間・夜間の別なくいずれも履修できます。夜間に受講する社会人学生のために、各分野の科目を開講しています（昼夜開講制）。このほか、長期休暇期間に集中講義を開講する場合があります。

二松学舎大学は、2015年度から2019年度までの５年間にわたって、文部科学省私立大学戦略的研究基盤形成支援事業（MEXT-Supported Program for the Strategic Research Foundation at Private Universities、略称SRF）に採択され、「近代日本の「知」の形成と漢学（The Formation of Knowledge in Modern Japan through Kanbun Studies）」 という研究プロジェクトを推進しました。このことを受けて、二松学舎大学大学院文学研究科中国学専攻は「日本漢学」の拠点として、新たな学位を設けました。

中学校または高等学校教諭1種免許状を有している学生で、本大学院文学研究科（博士前期課程）において、当該校種・教科について教職課程の認定を受けている所定の科目の単位を修得し、修士の学位を取得した学生は、中学校または高等学校教諭の専修免許状を取得することができます。