国際日本学研究科における教育は、指導教員による「研究指導」と授業科目の履修によって行われます。授業科目の選択・履修は、各自の研究分野に必要な科目を、指導教員の指導を受けつつ、行います。このほか、夏期・冬期の長期休業期間に集中講義を開講する場合があります。